La Fédération Française de Jeu Vidéo est dirigée par un Comité Directeur dont chaque membre est élu pour une durée de 3 ans renouvelable.
Chaque année un membre du comité directeur est considéré comme sortant. L'élection se déroule lors de l'assemblée générale de fin de saison, qui a généralement lieu fin Septembre. Le comité directeur a un rôle de représentation et de relation.

Le Bureau fédéral est constitué d'un représentant de chaque association (en général le président de celle-ci) et est l'organe qui propose et vote les idées, les conduites à tenir ainsi que l'orientation de la FFJV. 
C'est l'élément moteur de la fédération, l'essence même de la FFJV. Une Fédération faite par les associations à destinations des associations. 

Les Référents Régionnaux sont l'organe opérationnel de la FFJV. Ils sont les relais entre les acteurs locaux (associations, collectivités, professionnels du secteurs...) et le comité directeur de la FFJV. Ils représentent ce dernier lors de conventions, réunions et autres rendez-vous importants. 
Ils sont également en charge de la supervision des événements de la FFJV sur leur secteurs ainsi que de la réalisation de ceux-ci. Outre leurs travaux de représentations, ils conseillent et accompagnent également les associations de jeu vidéo de leurs régions au niveau administratif. 

Les membres individuels sont des joueurs souhaitant participer à la vie de la Fédération et à ses activités mais qui ne sont membres d'aucunes associations adhérentes. 

Le Bureau fédéral est composé du Comité directeur de la FFJV, des référents régionnaux et des représentants des associations adhérentes. 
Pour la saison 2021-2022 un changement sera opéré au sein du bureau fédéral. Les Associations éliront 10 représentants et les membres individuels en éliront 2. Ce qui portera la composition du bureau fédéral à 30 sièges : 
5 sièges : Comité directeur
13 sièges : Référents régionnaux
10 sièges : Représentant associatifs
2 sièges : Représentants des membres individuels

 

Le Bureau Fédéral est le garant de la bonne conduite des compétitions de la FFJV. 

Il nomme des directeurs sportifs qui auront pour but de réaliser et mener à bien les projets esports de la FFJV (Qualifications aux masters IesF, compétitions nationales, gestion des équipes fédérales...), ils ont également à charge le relationnel avec les éditeurs pour la validation des compétitions de la FFJV.

La comission des réglements met en place les réglements des différentes compétitions en respectant les recomandations des éditeurs et des principaux partenaires de la FFJV. Elle est nommée par le Bureau fédéral et agit indépendamment des équipes de directions sportives.